明崇祯十七年（年）甲申之变、闯军入京，随之满清入关、天下大乱。永历十五年（年）吴逆三桂率清军入缅，缅逆莽白将永历帝执送清军。次年四月，明昭宗永历帝与太子朱慈煊在昆明被吴三桂所弑。
此后郑成功仍奉大明正朔，东征收复台湾，作为抗清基地。明郑政权继续沿用永历年号，但未再拥立明朝宗室称帝或监国。永历三十七年（年）清军占领台湾，延平王郑克塽降清，宁靖王朱术桂自杀殉国，明朔彻底终结。
郑成功收复台湾进军路线
永历十五年（）郑成功光复台湾后，建立了台湾历史上第一个汉人政权，第一次在台湾建立中国人的行政机构。他将台湾改称东都，赤崁地方更名“东都明京”为承天府，为台湾最高行政机构，仿明朝中央官制，设六官；府之下设二县，承天府以北叫天兴县、以南叫万年县。这是台湾设置郡县的开始。
明郑时期台湾行政区划
永历十六年（）成功病逝，其子郑经继位，改东都为“东宁”。需要注意的是东宁只是台湾的总地号。明郑政权一直延续“明”为正式国号，延续“永历”年号，以“反清复明”为宿愿。后来郑克塽系以“大明延平王”的身份向清朝投降，降表中载明缴纳“延平王金印一”、“招讨大将军金印一”。
永历十八年（）郑经重定行政区域，改东都为东宁，升天兴、万年二县为天兴州、万年州，增设南路、北路及澎湖三安抚司。至永历三十七年（）郑克塽降清为止，明郑皆维持一府二州三司的建置。
郑经执政期间另将承天府分为东安、西定、宁南、镇北四坊，天兴、万年二州下设文贤、仁和、永宁、新昌、仁德、依仁、崇德、长治、维新、嘉祥、仁寿、武定、广储、保大、新丰、归仁、长兴、永康、永丰、新化、安定、善化、感化、开化等二十四里。
台湾行政区划详图
“一府二州三司”
承天府：安平镇（王城）、东安坊、西定坊、宁南坊、镇北坊
天兴州：武定里、永康里、广储里、长兴里、新丰里、归仁里、永丰里、保大里、安定里、开化里、善化里、新化里、感化里
万年州：仁德里、仁和里、永宁里、新昌里、文贤里、崇德里、依仁里、长治里、嘉祥里、维新里、仁寿里
北路安抚司：处理高山族问题
南路安抚司：处理高山族问题
澎湖安抚司：沿袭明朝“澎湖寨巡检司”
民族英雄郑成功
郑成功致荷军总督揆一招降书
执事率数百之众，困守城中，何足以抗我军？而余尤怪执事之不智也。夫天下之人固不乐死于非命，余之数告执事者，盖为贵国人民之性命，不忍陷之疮痍尔。今再命使者前往致意，愿执事熟思之。执事若知不敌，献城降，则余当以诚意相待。否则我军攻城，而执事始揭白旗，则余亦止战，以待后命。我军入城之时，余严饬将士，秋毫无犯，一听贵国人民之去。若有愿留者，余亦保卫之，与华人同。夫战败而和，古有明训；临事不断，智者所讥。贵国人民远渡重洋，经营台岛，至势不得已而谋自卫之道，固余之所壮也。然台湾者，中国之土地也，久为贵国所踞。今余既来索，则地当归我，珍瑶不急之物悉听而归。若执事不听，可揭红旗请战，余亦立马以观，毋游移而不决也。生死之权，在余掌中，见机而作，不俟终日。唯执事图之。
郑成功收复台湾
郑成功诗词
龙海桥头观江潮
神州鼎沸横胡虏，禽兽衣冠痛伪朝。十万健儿天讨至，雄心激似大江潮。
克长江重镇镇江
春风得意马蹄轻，满目青归细柳营。横槊赋诗曹孟德，词锋先夺镇江城。
出师讨满夷自瓜州至金陵
缟素临江誓灭胡，雄师十万气吞吴（拟并复吴会州县）。试看天堑投鞭渡，不信中原不姓朱。
复台（即东都）
开辟荆榛逐荷夷，十年始克复先基（太师会兵积粮于此，出仕后为红毛荷兰夷酋弟揆一王窃据）。田横尚有三千客，茹苦间关不忍离。
晨起登山踏看远近形势
旭日东升万壑明，高林秋爽气纵横。千峰无语闲云过，瀑布湍飞系我情。
陈吏部逃难南来，始知今上幸缅甸，不胜悲愤；成功僻在一隅，势不及救，抱罪千古矣
闻道吾皇赋式微，哀哀二子首阳薇（痛惜瞿、何二督师前已殉节；使有一人在，今日必不至此）。
频年海岛无消息，四顾苍茫泪自挥。
天以艰危付吾俦，一心一德赋同仇。
最怜忠孝两难尽，每忆庭闱涕泗流（太师为满酋诱执，迫成功降，再四思量，终无两全之美，痛愤几不欲生；惟有血战，直渡黄龙痛饮，或可迎归终养耳，屈节污身不为
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